本发明公开了一种用于纳米孔测序的磷脂双层膜及其制备方法,其制备方法,依次包括以下步骤:(1)将疏水性小分子单体、光引发剂和磷脂分子混合,得磷脂混合物;(2)将磷脂混合物涂抹至纳米孔基材上,溶剂挥发,得磷脂膜;(3)在纳米孔基材两侧浴池中加入离子缓冲液使磷脂分子复溶,然后在纳米孔基材上复涂磷脂混合物,光引发聚合,得用于纳米孔测序的磷脂双层膜。本发明还包括采用上述方法制得的纳米孔测序的磷脂双层膜。本发明利用带双键的疏水性小分子单体与磷脂进行掺杂并进行原位聚合,以解决现有技术中磷脂双层膜稳定性差和难以重复制备等问题。