本发明公开了一种建筑厂房屋面自然通风系统及通风方法,涉及自然通风系统技术领域。本发明包括自然通风器主体和延伸分流导管,自然通风器主体的底端固定有延伸分流导管。本发明通过监测配控模块和第一跟随调节受控模块的配合设计,使得装置便于自然通风的同时,对空气中的杂质含量进行监测,根据具体情况进行无遮蔽直接导入、过滤导入或者直接关闭三种状态,从而对应杂质含量低、杂质含量中等和杂质含量过高三种状态,且通过监测配控模块和第二跟随调节受控模块的配合设计,使得装置便于自然通风的同时,对空气中的湿度进行监测,从而判定是否降雨,并完成对自然通风器主体的自动化防雨保护。